질병관리청은 2026년 10월 1일부터 선박 검역 방식을 개편해 감염병 위험도가 낮은 선박에 대한 승선검역을 완화하고, 전수 전자 서류심사 중심으로 전환한다. 그동안 검역관리지역에서의 단순 선원교대 시마다 일괄 승선검역을 실시해 전체 승선검역의 절반 이상(57.6%)을 차지했으며, 연간 약 1만 척에 달하는 저위험 선박이 지연되는 문제가 있었으나, 이제는 검역감염병 환자나 사망자 발생, 매개체 서식, 선박위생증명서 미소지 등 고위험 상황에 한해 승선검역을 실시한다.
이번 조치로 해상 줄사다리를 통한 승선으로 인한 검역관의 안전사고 위험이 줄어들고, 선박의 적기 입항과 하역이 원활해져 해운업계의 대기 손실이 최소화될 전망이다.
서류심사로 전환되는 검역 방식의 사각지대를 보완하기 위해 2026년 말부터는 무작위 표본조사 방식의 승선검역도 병행되며, 필요시 현장 보건위생조사도 즉시 할 수 있는 관리체계를 유지한다.
아울러 16년간 동결됐던 선박위생증명서 발급 수수료도 2026년 10월 1일부터 현실화된다. 수수료는 선박 총 톤수별 6단계로 조정되며, 최소 6만 원에서 최대 30만 원까지 부과된다.
이는 일본 등 주요국 대비 낮은 수준을 유지하면서도 과도한 발급 쏠림 현상을 완화하기 위한 조치다.
또한 2026년 12월 1일부터는 음용수 분석 보고서 등 선박 위생 관련 사전 심사 서류를 질병관리청장이 지정함으로써 검사 절차의 표준화를 추진한다. 이번 「검역법 시행규칙」 개정은 미국·일본 등 주요국 기준에 부합하는 국제 수준의 검역 체계 정비를 목표로 하고 있다.
