농림축산식품부는 농협 조합의 내부통제 책임을 명확히 하고 회계 투명성을 높이기 위해 「농업협동조합법 시행령」 개정안이 2026년 9월 11일 공포·시행되었다고 밝혔다. 이번 개정은 지난 3월 10일 개정된 농협법상 위임사항을 구체화한 것으로, 외부회계감사 주기 단축과 내부통제 기준 마련, 준법감시인 제도 도입 등을 담고 있다.
개정 시행령에 따르면 직전 회계연도 말 자산총액이 500억 원 이상 3,000억 원 미만인 조합은 2년마다, 3,000억 원 이상인 조합은 매년 외부 회계감사를 받아야 한다.
과거에는 자산 500억 원 이상 조합 모두가 4년에 한 번 감사를 받았다. 또한 자산총액 1조 원 이상 조합이 연속하는 4개 회계연도에 대해 회계감사를 받은 경우, 이후 연속하는 2개 회계연도에는 농식품부 장관이 지정하는 감사인에게 감사를 받는 주기적 감사인 지정제가 도입됐다.
조합 단위에서는 임직원의 업무 수행 시 적법절차, 자산의 운용 또는 업무 수행 과정에서의 위험관리, 임직원의 내부통제기준 준수 여부 및 위반 시 처리 사항 등을 포함하는 내부통제 기준을 마련해야 하며, 준법감시인 선임이 의무화된다.
준법감시인은 조합·중앙회 등 종사 경력자이거나, 농·축산업 또는 금융 분야 석사 학위 또는 변호사·회계사 등 관련 전문자격을 보유한 종사 경력자 등으로 한다. 아울러 농협중앙회에 대해서는 내부통제 기준의 운영 실태를 현장 또는 서면 조사를 통해 점검하도록 하고, 그 결과를 전무이사·이사회에 통지해 내부통제 취약 사항을 개선하도록 제도화했다.
윤원습 농식품부 농업정책관은 이번 시행령 개정으로 조합의 내부통제 책임이 명확해지고 외부회계감사의 적시성과 신뢰성이 높아질 것으로 기대하며, 조합 준법감시인 도입 및 외부회계감사 주기 단축 등의 제도가 현장에 안정적으로 정착될 수 있도록 중앙회 및 조합을 적극 지도하고 지속 협력해 나가겠다고 밝혔다.
